Los reptiles vivos se clasifican en cuatro órdenes o clases diferentes.
- Las tortugas, orden Chelonia, tienen un caparazón de protección óseo, por lo general cubierto de placas córneas. Son en su mayoría acuáticas, aunque algunas están adaptadas a la tierra. Son los reptiles más antiguos, prácticamente sin cambios desde el período Triásico.
- Los miembros de la orden Crocodilia, que incluye cocodrilos, caimanes, y gaviales, son grandes reptiles carnívoros, de pantanos y ríos tropicales y subtropicales. Constituyen la única clase que queda de la gran subclase de reptil Archosauria, que incluye los extintos dinosaurios.
- El orden Squamata incluye los lagartos (Suborden Sauria ) y serpientes (Suborden Serpentes). Casi todos los miembros de esta clase son terrestres.
- El orden Rhynchocephalia tiene un único miembro vivo, el tuatara, un reptil lagarto de Nueva Zelanda